Bien que la Cour des Comptes du Burundi ait été créée par la loi n°1/002 du 31 Mars 2004, le projet de création d’une juridiction des comptes au Burundi remonte aux années de l’indépendance.
Déjà sous le Régime monarchique, la création d’une Cour des Comptes était prévue par la Constitution du 16 Octobre 1962 en son article 104. L’article 105 de cette Constitution précise que « Cette Cour est chargée de l’examen des comptes d’administration générale envers le trésor public ». Elle veille à ce qu’un article des dépenses du budget ne soit dépassé et qu’aucun transfert n’ait lieu. Elle arrête les comptes des différentes administrations de l’Etat et est chargée de recueillir à cet effet tout renseignement et toutes pièces nécessaires.
Il faut cependant préciser que jusqu’à la fin de la monarchie en novembre 1966, cette disposition constitutionnelle n’avait pas encore été mise en application.
Sous le Régime de la Première République, la constitution de 1974 prévoyait une Chambre des Comptes au sein de la Cour Suprême avec des compétences pénales en matière financière et des compétences de juger des contestations financières budgétaires.
Cette Chambre des Comptes a été supprimée le 30 juin 1975 par la loi n°1/105.
Sous le Régime de la Deuxième République, l’article 51de la constitution du 20 novembre 1981 prévoyait la création et l’organisation d’une Cour des Comptes « chargée de l’examen, de la liquidation et de l’arrêt des comptes de tous les services publics ». Cependant, ce régime politique a pris fin sans qu’aucune loi créant et organisant cette cour n’ait vu le jour.
Le Régime de la Troisième République parvint à mettre sur pied, par le Décret-loi n°1/2 du 31 Janvier 1989, une Cour des Comptes à caractère spécialement pénal. L’article 8 de ce Décret-loi portant création, organisation et compétence de cette Cour précise qu’elle est juge d’exception de certaines infractions pénales commises par les agents ou mandataires publics au préjudice des personnes publiques et veille à l’application des lois spéciales relatives aux incompatibilités attachées aux fonctions des agents ou mandataires publics et à la justification de l’origine licite de leurs biens.
Ce même article précise que d’autres lois spéciales pourront attribuer à la Cour d’autres compétences en matière de jugement des comptes publics, de discipline financière et budgétaire et de contrôle de l’exécution des budgets des personnes publiques.
Cette Cour a été abrogée pour inconstitutionnalité par la promulgation de la loi n°1/077 du 22 juillet 1996, avant que les lois spéciales élargissant ses compétences au jugement des comptes publics n’aient vu le jour. Deux ans après, l’acte constitutionnel de transition de 1998 prévoyait également la création de la Cour des Comptes.
L’article 6, point du protocole II de l’Accord d’ARUSHA pour la Paix et la Réconciliation au Burundi dispose qu’il est créée et organisée par la loi une Cour des Comptes chargée d’examiner et de certifier les comptes de tous les services publics, de présenter à l’Assemblée Nationale un rapport sur la régularité du compte général de l’Etat et de confirmer si les fonds ont été utilisés conformément aux procédures établies et au budget approuvé par cette même Assemblée. Cette disposition a été reprise par la Constitution Post-Transition (cfr. art. 178 de la loi n°1/018 du 20 octobre 2004)
La création d’une Cour des Comptes au Burundi est enfin l’aboutissement des pressions de certains bailleurs de fonds, en l’occurrence le Fonds Monétaire International et la Banque Mondiale qui espèrent qu’elle est porteuse de la transparence dans la gestion de la chose publique et de la promotion de la bonne gouvernance économique au Burundi.