Les textes fondamentaux auxquels se réfère la Cour des comptes sont:
- Accord d’Arusha pour paix et la réconciliation au Burundi (Arusha, 28 Août 200);
- La constitution de la République du Burundi du 7 juin 2018;
- Loi n°1/002 de la 31/03/2004 portante création, missions, organisation et fonctionnement de la Cour des comptes;
- Loi n°1/017 du 12 mai 2005 portant statut des magistrats de la Cour des comptes;
- Loi n°1/35 du 4 décembre 2008 relative aux finances publiques;
- Loi du 19 mars 1964 portant règlement sur la comptabilité publique de l’Etat telle que modifiée par les décrets-lois n° s 1/1, 1/25 et 171 des 19 janvier 1969, 14 mai 1969 et 10 décembre 1971;
Décret n°1/255 du 18 octobre 2011 portant règlement général de gestion des budgets publics .